มกุฎราชกุมารรูดอล์ฟ ทรงสิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2432 ณ คฤหาสน์ล่าสัตว์มาเยอร์ลิง พร้อมด้วยบารอนเนสแมรี นางสนมของพระองค์ หลังจากที่พระองค์ทรงมีปากเสียงกับอาร์ชดัชเชสสเตฟานี พระชายา ที่ทรงมิให้พระองค์ทรงมีนางสนมใด ๆ ทั้งสิ้น อีกทั้งเมื่อสมเด็จพระจักรพรรดิ พระราชบิดา ทรงรู้เรื่องที่พระองค์ทรงมีนางสนม ทรงกริ้วมาก และมีพระบัญชาให้พระองค์เลิกติดต่อ และเลิกความสัมพันธ์กับบารอนเนสแมรีอย่างเด็ดขาด พระองค์ทรงหมดหนทางแก้ไข จึงทรงใช้ปืนส่วนพระองค์ยิงที่ศีรษะของบารอนเนสแมรีก่อน แล้วจึงทรงยิงพระองค์สิ้นพระชนม์ตาม สร้างความโศกเศร้าแก่ประชาชนเป็นอย่างมาก และนอกจากนี้ การสิ้นพระชนม์ของพระองค์ได้สร้างความอัปยศอดสูมาสู่พระราชวงศ์อิมพีเรียลเป็นอย่างมาก พระศพของพระองค์ถูกจัดขึ้นอย่างสมพระเกียรติ โดยนำไปฝังไว้ที่วิหารฮาพส์บวร์ค ซึ่งเป็นที่ฝังพระศพของพระบรมวงศานุวงศ์ออสเตรียมาช้านาน ส่วนศพของบารอนเนสแรี่ สมเด็จพระจักรพรรดิทรงมีรับสั่งให้นำไปฝังอย่างลับ ๆ ที่วิหารใกล้กับคฤหาสน์มาเยอร์ลิง

ส่วนคฤหาสน์มาเยอร์ลิง สมเด็จพระจักรพรรดิได้มีพระบรมราชโองการปรับปรุงใหม่เป็นสถานศึกษาของแม่ชีในศาสนจักรจนถึงปัจจุบัน และในปัจจุบันมีแม่ชีบางองค์ได้บอกเล่าว่าเห็นพระวิญญาณของอาร์ชดยุกรูดอล์ฟ และวิญญาณของบารอนเนสแมรีภายในคฤหาสน์ โดยทั้ง 2 ได้เดินด้วยกันไปตามที่ต่าง ๆ ในคฤหาสน์